Data tertulis yang menyebutkan tentang berdirinya PGAN VI tahun Purwokerto yang pada awalnya berada di kota Purbalingga tidaklah dapat diketahui dengan jelas, terutama beberapa dokumen penting; surat keputusan dari yang berwenang.

Dimungkinkan karena tercecernya dan terbengkelainya arsip; arsip dan dokumentasi sekolah sewaktu kepindahannya ke Ibu Kota Karsidenan Banyumas di Purwokerto pada tahun 1953. Demikian keterangan yang disampaikan oleh Bapak Djajan Kartasuwito lahir tanggal 8 Maret 1926,menjadi karyawan PGAN 6 tahun semenjak tahun 1953, dan menjabat sebagai kepala Tata Usaha Sekolah tersebut sampai dengan saat ini.

Selanjutnya sumber utama dari persoalan ini adalah dari abiturien sekolah ini adalah pada periode I di kota Purbalingga yaitu Bapak Ahmad Syaukani lahir tahun 1930, yang saat menjabat wakil Kepala Madrasah Mualimin Mualimat Muhammadiyah Purwokerto .Kedua orang ini yang hidup sampai saat ini masih hidup dan dipandang banyak tahu tentang lembaga pendidikan tersebut.

Dari keterangan dan penjelasan kedua beliau ini dapatlah diketahui secara periodisasi sejarah PGAN 6 tahun Purwokerto sebagai berikut:

• Tahun 1950

Berdiri di kota Purbalingga dengan nama Sekolah Guru Agama Islam (SGAI), berdasar atas surat Edaran Menteri Agama tanggal : 15 Agustus 1950 No. 277/07/1950 SGAI dengan lama belajar 5 tahun namun di Purbalingga hanya diselenggarakan sampai dengan klas VI.

• Tahun 1951

SGAI berubah menjadi Pendidikan Guru Agama (PGA) dengan lama belajar 5 tahun, yaitu : 2 tahun sesudah tamat SMP dan yang sederajat dan 5 tahun setelah tamat SD dan yang sederajat, berdasarkan surat Pemerintah Menteri Agama No.7 tahun 1950, dikeluarkan tanggal 15 Desember 1951 dan surat Keputusan No.147/a/C-9 tanggal : 3 Agustus 1951.

• Tahun 1953

PGA Purbalingga pindah ke Ibu Karesidenan Banyumas di Purwokerto pada tanggal : 21 September 1953, dengan surat-surat Keputusan Menteri Agama No. (SK pindahan terbengkalai tercecer ). Sedangkan yang menjabat Kepala pada waktu itu ialah Bapak R.Sumo Sugondo. Diantara motivasi kepindahannya adalah :

• Satu-satunya PGA yang berada di Karesidenan Banyumas maka akan lebih tepat berada di Kota Karesidenan Banyumas yaitu Purwokerto.
• Pergedungan lebih memungkinkan yang tersedia di kompleks Masjid besar Purwokerto. Berstatus menyewa tanahnya kepada Badan Kas Masjid (BKM). Banyumas
• Tenaga Pengajar/Guru lebih dapat terpenuhi.
• Komunikasi dan Akomodasi lebih mudah dan lebih lancar

• Tahun 1954

Menurut surat perintah Kepala Jawatan Pendidikan Agama Pertama Negeri (PGAPN) atau PGAN IV tahun dengan lama belajar 4 tahun setelah Sekolah Dasar atau Madrasah Ibtidaiyah. Adapun bagian atas tetap adanya yaitu : PGAAN dan PGAN khusus putrid dengan lama belajar 2 tahun setelah PGAPN. Dengan Pejabat Kepala Bapak R.Dul Pakansi.

• Tahun 1955

Pada Tahun Ajaran 1955/1956 PGPAN Purwokerto, menerima dan menyelenggarakan klas khusus putri yang siswi-siswinya disamping berasal dari seluruh daerah karesidenan Banyumas, juga berasal dari Kedu dan karesidenan Pekalongan yang menjabat Kepala Bpk.R.Sudirman.

• Tahun 1959

Dengan dirasakan adanya kesulitan akibat berbagai nama seperti PGAP, PGA IV tahun, PGAA dan lain sebagainya, maka dikeluarkan surat Perintah Menteri Agama No. 18 tahun 1959, tanggal 29 April 1959, tentang nama-nama Sekolah Dinas Guru Agama atau Pendidikan Guru Agama yaitu:

• PGAN 4 tahun, Sekolah Dinas yang menyelenggarakan bagian pertama dari Pendidikan Guru Agama dari klas I s/d klas IV.
• PGAN 6 tahun, Sekolah Dinas yang menyelenggarakan keseluruhan /selengkapnya dari klas I s/d klas VI.
• PGAN putri, yang menyelenggarakan Sekolah Dinas bagian atas PGA dari klas V s/d VI khusus pelajaran putrid

• Tahun 1964

Pada tahun ajaran 1964/1965 di Purwokerto diselenggarakan PGAN 6 tahun dan PGAN putri, dengan lama belajar masing-masing 6 tahun.

• Tahun 1969

PGAN 6 tahun, pindah menempati gedung baru dari kompleks Masjid Besar Purwokerto ke jalan raya Kalibakal Purwokerto Wetan.

• Tahun 1978

Dengan surat keputusan Menteri Agama No. 19 tahun 1978 tanggal 16 Maret 1977 mulai tanggal 1 Januari 1978 tentang berubahnya status PGAN 6 tahun menjadi PGAN, untuk klas IV, s/d klas VI dan Madrasah Tsanawiyah Negeri untuk klas I sampai dengan klas III.

Secara lengkap pula disampaikan periodisasi kepala-kepala PGAN Purwokerto semenjak berdirinya di kota Purbalingga dan pindah ke Purwokerto sampai saat ini dan semakin berkembang.